Я установил некоторые темы, элементарные и Альдабра, и удалил их в окне появления. Но когда я нажимаю, настраивают... содержание окна и - граница этих тем все еще обнаруживалась. Я должен был удалить файлы в ~/.themes вручную. Действительно ли это - ошибка?
Это - или ошибка, или у Вас были они также в/usr/share/themes. Если у Вас нет их там, то необходимо сообщить об ошибке наверняка.
Я не думаю, что это - ошибка, удаляя gtk, и Метагородскими темами была бы плохая идея, особенно при удалении пользовательской темы. Несколько тем используют тот же gtk и/или метагородские темы, так удаление их имело бы непреднамеренные последствия.