Вам ничего не нужно делать. Просто запустите PhpStorm / PyCharm в первый раз из командной строки с
/path/PhpStorm/bin/phpstorm.sh. После того, как он запустится, появится всплывающее окно с просьбой пароль, чтобы добавить его в пусковую установку. Когда вы отправите свой пароль, в панели запуска появится значок ico.