13.10 с Mate и Clearlooks: некоторые приложения gtk в основном черные

Некоторые из ваших неверных приложений могут быть gtk3. Чтобы узнать, запустите:

ldd /usr/bin/app_name | grep gtk

Например, с gucharmap,

$ ldd /usr/bin/gucharmap | grep gtk
    libgtk-3.so.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgtk-3.so.0 (0x00007fcdee89a000)
$ 

Обратите внимание на libgtk-3.0 на выходе.

Также проверьте с whereis, если ваше приложение находится в другом месте, например, в sbin, а не в bin.

Тема Clearlooks поддерживает только gtk2. (Посмотрите в папку themes, и вы не увидите вложенную папку gtk-3.0 в папке Clearlooks.)

Я предлагаю вам использовать тему, которая поддерживает как gtk2, так и gtk3.