Это можно сделать, установив gsetting на ubuntu, выполнив команду, подобную
gsettings set com.canonical.Unity.Panel systray-whitelist "['JavaEmbeddedFrame', 'Wine', 'Update-notifier', 'Skype']"
. После перезагрузки она установит значок на панели уведомлений.
Я нашел связанное сообщение в блоге по Linuxicle: включить значок уведомления о скайпе в Ubuntu 12.04 / 13.04
Похоже, вам нужно удалить ~/.cache/software-center/*, выйти из системы и снова войти в систему. Кажется, это помогло мне.