Обновление Ubuntu должно оставлять установленные и функциональные приложения сторонних разработчиков с оговоркой, что если они зависят от конкретных версий библиотек, обновления для них могут вызвать проблемы. Если, OTOH, вы выполните новую установку, у вас возникнут проблемы, если вы не установите сторонние приложения на отдельный раздел, который вы не удалите. Обычно для этой цели используется /opt; /usr/local предполагается использовать для локально скомпилированных программ, то есть программ, написанных на C, C ++ или других скомпилированных языках, которые вы загружаете и компилируете самостоятельно. Java не квалифицируется; Программы Java обычно входят в /opt, если они не установлены через систему пакетов.
Основная проблема при обновлении, а не в переустановке - это то, что обновления иногда не работают правильно; вещи иногда путаются и оставляют систему неустойчивой или не загружаемой. Однако, когда они идут правильно, обновления очень удобны, потому что они сохраняют большую часть ваших настроек. Таким образом, может быть целесообразно выделить отдельные разделы /opt и / или /usr/local, в которых вы храните сторонние программы, а также пытаетесь выполнить обновление. Если обновление не удается, вы можете установить новое, указав установщику на upgrade создать новые файловые системы на своих разделяемых разделах.
Из того, что я видел, вы не можете вступить в единство. Установите другую среду рабочего стола, и все будет хорошо. Вот как xfce:
https://www.digitalocean.com/community/articles/how-to-setup-vnc-for-ubuntu-12