Я также хотел бы добавить XFS в микс. Я нашел его немного более отзывчивым, особенно с большими файлами. Возможность расширять файловую систему и выполнять проверку fs без размонтовки довольно гладкая.
Хотя, если вы хотите использовать Linux + Win, вы застряли на NTFS.