Действительно ли возможно настроить GNOME так, чтобы, когда я нажимаю кнопку "X" на окне, или выбрали "Выход" из topbar меню, окно минимизируется, а не закрывается?
Нет, это не возможно.
можно настроить GNOME для не показа близкой кнопки в стандартной строке заголовка, но это не будет относиться ко всем приложениям в системе. "Выход" в меню приложения, внутренняя функция.