Почему ps -al не отображает мои Java-программы?

Прежде всего, да, вы должны войти в систему как root для редактирования файлов конфигурации. Просто не трогайте то, что вы не понимаете, и помните все ваши изменения. Если файл принадлежит root, вы должны войти в систему как root для chmod. sudo nano /etc/default/pulse.pa или то, что вы редактируете. Не запускайте приложения GUI как root, если они вас не попросят.

Во-вторых, не вмешивайтесь в ubuntu, используя старые или не-ubuntu-руководства. Современный Ubuntu слишком далеко отклонился от «справочной Linux».