Эквивалент chkconfig - update-rc.d
. Вы искали эквиваленты
update-rc.d <service> defaults
update-rc.d <service> start 20 3 4 5
update-rc.d -f <service> remove
См. эту полезную страницу для получения дополнительной информации или ознакомьтесь с man update-rc. д
Если вы говорите о демонах системной системы, то подходит файл в /etc. Если вы говорите о приложении, которое должно иметь настройки для каждого пользователя, домашний каталог подходит. Для новых приложений было бы неплохо следовать спецификации базового каталога XDG:
http://standards.freedesktop.org/basedir-spec/basedir-spec-latest.html
В основном это означает, что вы должны хранить ваши файлы конфигурации в $XDG_CONFIG_HOME, по умолчанию - ~/.config