Почему некоторые приложения имеют два значка в/usr/share/application?

Поскольку Вы непосредственно смотрите на содержимое файловой системы с помощью файлового менеджера, который не полностью следует за спецификацией Файла на рабочем столе XDG для представления этих файлов для просмотра.

Rhythmbox имеет вторичный .desktop файл, который является для вторичного сервиса, и этот файл указывает, что должен быть скрыт от меню, однако Вы непосредственно смотрите на несколько из файловой системы, а не меню.

Аналогично, инструмент Properties программного обеспечения имеет несколько .desktop файлов для выполнения его немного по-другому под различными средами, и вторичный указывает, что это должно быть скрыто от меню. Но Вы не смотрите на меню.

Это не проблема, и абсолютно нормальный, даже для абсолютно новой установки Ubuntu или большей части любого дистрибутива Linux действительно.

Нет, нет ничего неправильно с Вашей системой.

дублированные значки средства запуска объяснили:

различные значки являются различными параметрами командной строки. Некоторые приложения контекста с вызовом связанный *.desktop значок. Исполнительная опция значка будет зависеть от того, как приложение называют.

Некоторые Значки, которые Вы показываете в своем изображении, могут быть очевидными из-за различия в способе, которым их называют. Вы видите различие в способе, которым приложение называют путем щелчка правой кнопкой и нажатия на свойства для наблюдения других различий.

Некоторые из эти *.desktop файлы имеют %U аргумент, используемый, таким образом, приложение примет аргументы.

Некоторые Средства запуска являются различными командами, которые называет по-другому и называет по-другому часто символьная ссылка.

Некоторый exampes из списка в Вас изображение:

Name: Online Accounts
Command: unity-control-center credentials

Name: Online Accounts
Command: Online account credentials and settings

Name: Personal File Sharing
Command: gnome-file-share-properties

Name: Rhythmbox
Command: rhythmbox %U

Name: Rhythmbox
Command rhythmbox-client --select-source %U

определенное Rhythmbox и значки Software Update :

В особых случаях Rhythmbox. Значки обеспечиваются для определенного метода, которым это назовет в контекстно-зависимом использовании команда. Это согласовывается с большинством средств запуска.

В особом случае программное обеспечение И Обновление средство запуска, те два установлены различными пакетами. У них также есть различные имена файлов:

software-properties-gnome.desktop package source  app-install-data
software-properties-gtk.desktop   package source  software-properties-gtk