Вы можете удалить соединения с помощью nmcli con delete (CONNECTION_NAME)
Чтобы удалить все неиспользуемые соединения (не требуется корень)
nmcli --fields UUID,TIMESTAMP-REAL con show | grep never | awk '{print $1}' | while read line; do nmcli con delete uuid $line; done
Число du дает кумулятивные значения. То есть это пространство, занятое всем в каталоге, и все, что находится под каталогом. Число для /, следовательно, равно количеству всех файлов файловой системы.
Если вам не нужны кумулятивные числа, вы можете использовать du -S.