Как я могу ожидать, пока приложение не запустилось?

Основной ответ - то, что необходимо контролировать список открытых окон для изменения. Можно сделать так в количестве путей, но так как Вы используете wmctrl, можно использовать это как так:

#!/bin/bash
while true
do
    # get list of windows
    windows=$(wmctrl -l)
    # check if window is on the list
    if [[ "$windows" =~ "Mozilla Firefox" ]];
    then
         echo "found firefox, closing it  in 3 seconds"
         sleep 3 
         wmctrl -c "Mozilla Firefox"
    fi
    # delay until next loop iteration
    sleep 3
done

, Так как Вы также запросили пример на цикличное выполнение до определенных завершений окна, вот отредактированный пример с альтернативным подходом цикличного выполнения (который был бы, вероятно, предпочтен; по крайней мере это - структура, я лично использую довольно много):

#!/bin/bash
# Script enters into this while loop, and keeps checking
# if wmctrl -l lists firefox. Condition is true if firefox
# isn't there. When firefox appears, condition is false,
# loop exits
while ! [[ "$(wmctrl -l)" =~ "Mozilla Firefox" ]] 
do
    # number of seconds can be changed for better precision
    # but shorter time equals more pressure on CPU
    sleep 3
done

# Only after firefox appears , we get to here
echo "found firefox, closing it  in 3 seconds"
sleep 3 
wmctrl -c "Mozilla Firefox"

# Same idea as before - we enter the waiting loop,
# and keep looping until firefox is not on the list
windows=$(wmctrl -l)
while  [[ "$(wmctrl -l)" =~ "Mozilla Firefox" ]] 
do
    sleep 3
done
#When loop exits, that means firefox isn't on the list
echo "Script is done"