Я хочу восстановить свою установку назад для установки по умолчанию путем переустановки всех пакетов, которые поставляются по умолчанию Ubuntu 16.10.
В случае, если это, которое Вы хотите к восстановление действительно все "девственнице" Ubuntu 16.10 (поскольку Вы сказали в комментарии под Вашим вопросом), новая установка системы могли бы быть большей частью простого способа пойти. Иначе необходимо было бы переустановить все пакеты, которые Вы хотите восстановить вручную.