На этот вопрос уже есть ответ здесь:
Я использую Ubuntu Xenial и mysql 5. редактирую mysql Файл .conf не помог. он все еще активен.
Ubuntu 16.04 использует systemd для управления автоматическим запуском сервисов. Попытайтесь использовать команду systemctl:
sudo systemctl disable mysql