Это должно быть так же просто, как создать файл /etc/init/myjob.conf:
description "My Job"
# start conditions for automatic start
# stop conditions for automatic stop
pre-start exec /path/to/program start
post-stop exec /path/to/program stop
Затем вы можете сделать sudo start myjob для запуска и sudo stop myjob для остановки.
См. http://upstart.ubuntu.com для получения дополнительной информации.