Проблема с установкой bakomatex

в системах Linux и Unix файлы, начинающиеся с . (точка), являются скрытыми файлами. Чтобы увидеть их с помощью команды ls, добавьте -a или -A в ваш ls.

ls -a /path/to/dir

или

ls -A ~

Из руководства man ls:

   -a, --all
          do not ignore entries starting with .

   -A, --almost-all
          do not list implied . and ..