Скрипт для помещения имен файлов из рабочего каталога в текстовый файл так команды может быть запущен на них

Я нашел лучшее решение.

Пропустите создание текстового файла, и просто сделал сценарий для выполнения нескольких файлов в папке

#!/bin/bash

for file in *.i*
do
  [[ "${file##*.}" =~ fchk ]] && continue
  qchem "$file" "${file%.*}".out 
done

clear
echo "DONE!"

При рассмотрении ответа Вы действительно не хотите создавать текстовый файл, но просто искать файлы и обрабатывать их. Можно использовать find команда для этого, например, для переименования всех файлов, заканчивающихся в .i замена i o сделайте:

find -maxdepth 1 -type f -name "*.i" -exec bash -c 'mv "$0" "${0/i/o}"' "{}" \;

Объяснения

• -maxdepth 1 останьтесь в текущем каталоге
• -type f поисковые файлы только
• -name "*.i" поисковые файлы, заканчивающиеся в .i
• -exec выполните следующую команду на файле, {} заменен именем файла, должен быть закончен с \;
• bash -c запустите подоболочку, выполняющую следующие команды путем добавления "{}" мы даем ему имя файла как аргумент 0
• mv "$0" "${0/i/o}" переименуйте файл путем замены i o – просто пример, конечно, может быть заменен любым (цепочка) управляет, чтобы Вам понравилось
• \; концы -exec опция

Для команд, которые могут взять больше чем один файл за один раз, можно занять место \; + для объединения в цепочку аргументов посмотрите то, Что является различием между использованием '+' (плюс) и''; (точка с запятой) в - исполнительная команда?.

Альтернатива, если по некоторым причинам Вы хотите использовать файл для хранения списка файлов:

ls *.i  > input.txt
for F in $(cat /path/to/input.txt) ; do
...
done;

или, если у Вас есть пробелы в Ваших именах файлов

while read F  ; do
...
done </path/to/input.txt