Как я могу считать строки по-другому именованных файлов и записать результат в файл CSV?

Принятие Вас хочет вывод как 42, 19, 10207, 3 на каждой строке (никакие имена файлов), wcи некоторые Bashлуг решит Вашу проблему.

outfile="Result.csv" 
for samplenum in $( seq 1 100 ) ; do
    line=""
    for file in sample${samplenum}.* ; do
        numlines=$( wc -l <$file )
        line="$line $numlines,"
    done
    # remove the final comma
    line=${line%,}
    # not quoting $line below will suppress the initial blank 
    echo $line >> $outfile 
done

Читать man bash, man wc, man seq и man bash снова

Ответ на комментарий:

Вы читали man страницы?

$( seq 1 100) заменяется результатами seq 1 100 команда, которая просто производит целые числа от 1 до 100 (который чтение man seq сказал бы Вам). Замените его чем-то, что предоставляет числа образцов, которые Вы имеете.

Поместите код в файл (например. test.sh) и выполненный это с bash -x test.sh видеть детали. Замените seq 1 100 с seq 1 2 для теста, для предотвращения лавины вывода.

samplenum содержит количество образца, который, для этого примера, работает от 1 до 100.

sample, в sample${samplenum}.* просто строка. Это связывается со значением samplenum и строка .* произвести шаблон имени файла, например. sample1.* в первый раз через for samplenum ... цикл, sample2.* во второй раз, и т.д.

Вы читали и понимали, man bash, man wc, man seq и man bash снова?

Опция Python

Интересный вопрос. Хороший случай для применения Python groupby()

Так как Ваши файлы находятся в единственном, "плоском" каталоге:

#!/usr/bin/env python3
from itertools import groupby
import os
import sys

dr = sys.argv[1]
# list the files in the directory, split into "sortable" elements
flist = [[item, item.split(".", 1)] for item in os.listdir(dr)]
# sort the file list by first section (until the first found dot)
flist.sort(key=lambda x: x[1][0])
# create sub groups of the files, grouped by first section of name
for key, line in groupby(flist, lambda x: x[1][0]):
    line = list(line)
    # sort the files by second section of name for correct order in the csv lines
    line.sort(key=lambda x: x[1][1])
    # count the lines of the files, arrange the csv file
    print((", ").join([str(len(open(dr+"/"+f[0]).readlines())) for f in line]))

Как это работает

Если каталог содержит девять файлов:

sample1.ext                  2 lines
sample1.ext2                 3 lines
sample1.ext3                 3 lines

sample2.ext                  1 lines
sample2.ext2                 1 lines
sample2.ext3                 4 lines

sample3.ext                  6 lines
sample3.ext2                 1 lines
sample3.ext3                 4 lines

• Сценарий перечисляет файлы, разделяет каждое из имен в два раздела, например:

  sample2
  

  и

  ext2
  

  начиная с порядка и строк и длины файла в строках зависит от точной сортировки этих двух разделов.

• Сценарий затем сортирует файлы по первому разделу имени, так как длина каждого из файлов (с подобным разделом имени) должна быть сгруппирована на первый раздел в одну строку; sample1, sample2, sample3 и так далее.
• Впоследствии, sub группы (на csv строка), создаются, правильно сортируются по второму разделу имени, для создания (строка-), числа появляются в правильном порядке в строке

Результат:

python3 '/home/jacob/Bureaublad/create_csv.py' '/home/jacob/Bureaublad/samples' 
2, 3, 3
1, 1, 4
6, 1, 4

Как использовать

• Скопируйте сценарий в пустой файл, сохраните его как create_csv.py

• Выполните его с каталогом с Вашими файлами как аргумент

  python3 /path/to/create_csv.py /path/to/directory_with_files
  

Важное примечание

Метод, используемый для подсчета строк, является соответствующим, пока файлы не огромны. Если бы файлы, другой метод для подсчета строк привел бы к лучшей производительности.

Править

В результате последней информации, добавленной к Вашему вопросу, отредактированной версии сценария. По совпадению не много должно быть изменено: сценарий уже разделил имена файлов первой найденной точкой командой:

item.split(".", 1)

Так как последний раздел имени .bam, который равен на всех файлах, это бессмысленно для порядка сортировки.

Затем мы только должны заменить "старый" способ считать строки файла:

str(len(open(dr+"/"+f[0]).readlines()))

(реализация Python и интеграция в сценарий-) команда Вы обеспечили:

str(subprocess.check_output(["samtools", "view", "-c", dr+"/"+f[0]]).decode("utf-8").strip())

Отредактированный сценарий

#!/usr/bin/env python3
from itertools import groupby
import os
import sys
import subprocess

dr = sys.argv[1]
# list the files in the directory, split into "sortable" elements
flist = [[item, item.split(".", 1)] for item in os.listdir(dr)]
# sort the file list by first section (until the first found dot)
flist.sort(key=lambda x: x[1][0])
# create sub groups of the files, grouped by first section of name
for key, line in groupby(flist, lambda x: x[1][0]):
    line = list(line)
    # sort the files by second section of name for correct order in the csv lines
    line.sort(key=lambda x: x[1][1])
    # count the lines of the files, arrange the csv file
    print((", ").join([
        str(subprocess.check_output(["samtools", "view", "-c", dr+"/"+f[0]]).decode("utf-8").strip())
        for f in line]))

Примечание:

Обратите внимание, что порядок чисел в строке определяется отсортированным порядком второй части имени, например.

mapped.bam, rmdup.bam, sort.bam