Conda / склонный - добираются и инструмент графика установки проблем
Я немного смущен различными диспетчерами пакетов на Python / Ubuntu. Я недавно иммигрировал к Ubuntu из окон, в которых я использовал анаконду в качестве своего диспетчера пакетов Python.
Я установил анаконду на своей новой установке Ubuntu. Я хочу использовать инструмент графика, таким образом, я следовал инструкциям на веб-странице и установил предварительно скомпилированные пакеты, использующие склонный - добираются, который к счастью (надо надеяться?) установил все зависимости.
Пакет, кажется, установлен в системе Ubuntu (apt search graph-tool укажите на это, как установлено), в то время как это не появляется в conda списке пакетов (conda list).
Я также попытался загрузить этот пакет с anaconda.org, но он не сделал установил все зависимости и отказавшую установку:
$ conda install -c floriangeigl -c vgauthier -c msarahan -c bioconda -c ostrokach -c salford_systems -c ptorrestr -c pkgw -c kalefranz graph-tool
Traceback (most recent call last):
File "/home/eli/anaconda2/lib/python2.7/site-packages/conda/exceptions.py", line 479, in conda_exception_handler
return_value = func(*args, **kwargs)
File "/home/eli/anaconda2/lib/python2.7/site-packages/conda/cli/main.py", line 145, in _main
exit_code = args.func(args, p)
File "/home/eli/anaconda2/lib/python2.7/site-packages/conda/cli/main_install.py", line 80, in execute
install(args, parser, 'install')
File "/home/eli/anaconda2/lib/python2.7/site-packages/conda/cli/install.py", line 420, in install
raise CondaRuntimeError('RuntimeError: %s' % e)
CondaRuntimeError: Runtime error: RuntimeError: Runtime error: HTTPError: 404 Client Error: NOT FOUND for url: https://conda.anaconda.org/ostrokach/linux-64/libgcc-5-5.4.0-2.tar.bz2: https://conda.anaconda.org/ostrokach/linux-64/libgcc-5-5.4.0-2.tar.bz2
Мое понимание - то, что пакет инструмента графика установлен на Ubuntu, но не "выставлен" conda (я корректен?). Как я выставляю / добавляет это к conda (и все его зависимости)? В целом, каково отношение между пакетами, выставленными через Кв. - добираются и conda? Как я должен интегрироваться, пакеты, установленные через Кв. - входят в conda?
Можно ли объяснить отношения между различными диспетчерами пакетов (я должен использовать анаконду вообще?)?
1 ответ
В целом не должен быть мало ни к какому взаимодействию между conda-установленными и способно установленными пакетами. По крайней мере это - намерение, хотя существует много способов, которыми можно добраться себя в проблему.
Я не знаком с инструментом графика, за исключением сейчас рассмотрения веб-сайта. Это получено вполне список зависимостей. Я также считал anaconda.org для него и нашел непростое колдовство установки conda со всеми теми каналами - тот, который вызвал Вас проблемы. (Один из тех каналов является моим.)
Один совет должен помнить то, с чем Вы на самом деле взаимодействуете на PATH. Выполнение echo $PATH покажет Вам содержание той переменной среды, и каталоги наряду с их порядком являются ключевыми. Чтобы помочь Вам выяснить, что распознается как исполняемый файл, использовать which -a. Например, which -a python.
Со всеми теми зависимостями я не удивлен, что у Вас есть проблемы. Мой второй совет должен попытаться использовать conda ENV. conda ENV поможет изолировать все Ваши зависимости.
Попробуйте команду
conda create --name graphtool -c floriangeigl -c vgauthier -c msarahan -c bioconda -c ostrokach -c salford_systems -c ptorrestr -c pkgw -c kalefranz graph-tool
где --name graphtool создает названный graphtool нового ENV. Затем выполненный
source activate graphtool
активировать ENV. Оттуда, необходимо смочь выполниться (на том же терминальном сеансе) независимо от того, что инструмент графика управляет, чтобы Вам было нужно.
Теперь к отслеживанию стека Вы добрались при попытке Вашего conda install команда...
Кажется, что существует проблема с anaconda.org и libgcc-5 пакетом на ostrokach канале. Отслеживание стека указывает, что Вы получили 404, НЕ НАЙДЕННЫЕ ошибкой для URL
https://conda.anaconda.org/ostrokach/linux-64/libgcc-5-5.4.0-2.tar.bz2
тот обозначенный anaconda.org существовал в https://conda.anaconda.org/ostrokach/linux-64/repodata.json. Если эта конкретная ошибка сохраняется, зарегистрируйте проблему (возможно, даже ссылающийся на этот поток) в https://github.com/Anaconda-Platform/support/issues.