В качестве альтернативы использованию tr и sed для синтаксического анализа вывода из решения @ mechan-snail, здесь приведены строки GNU и версия GNU grep:
$ wrestool --extract --raw --type=version putty.exe | strings -el | grep Version -A 1
FileVersion
Release 0.65
ProductVersion
Release 0.65
UPDATE:
Еще одна альтернатива - последняя версия tr Фила Харви (она основана на perl, проста в установке на Linux, если у вашего дистрибутива нет ее, также доступной для Mac и Windows). В нем много опций форматирования.
# Example with exiftool 10.47
$ exiftool -FileVersion -ProductVersion putty.exe
File Version : Release 0.67
Product Version : Release 0.67