Чтобы полностью отключить автоматические обновления, просто удалите пакет. Попробуйте:
sudo apt-get remove unattended-upgrades
Дополнительную информацию см. В документах Ubuntu. Однако, если вы хотите сохранить пакет и настроить его поведение, см. Решение этого вопроса. Как включить автоматическое обновление?