Как должен файлы приложения Flatpak быть удаленным?

Для инструментов управления пакета обычно оставить файлы в корневом каталоге одними, так, чтобы пользовательские настройки, и т.д. были сохранены на переустановке. Можно принять решение удалить их, если бы Вы желаете, но я не ожидал бы flatpak (или любая другая программа установки программного обеспечения) для удаления конфигурационных файлов в моем корневом каталоге. И это что ~/.var/app смотря на пример в плоском корпусе Wiki:

.var/
└── app
    └── org.gnome.GEdit
        ├── data
        ├── config
        └── cache

~/.local/share/flatpak/repo/refs/remotes/org.flatpaklinux.Suphead-origin похож это - часть состояния flatpak, и это могло использовать его для отслеживания его, что это установило и где от (такие данные также часто имеются в наличии после удаления пакета и так или иначе они не занимают много места). От плоского корпуса Wiki:

Flatpak использует OSTree, чтобы распределить и управлять приложениями и временем выполнения. repo/в вышеупомянутом дереве является локальным репозиторием OSTree. Flatpak создает активные / каталоги приложений и времени выполнения как символьные ссылки на контроль OSTree (в том же каталоге). Используя OSTree имеет преимущество, что контроль автоматически дедуплицирован и совместно использует дисковое пространство, так как OSTree использует hardlinks и обращение на основе содержимого. OSTree также помогает откатывать к более ранней версии, должен потребность возникать.

refs/remotes/org.flatpaklinux.Suphead-origin взгляды в точности как что-то от Мерзавца repo:

$ cat .git/refs/remotes/origin/master
73dad27c1c047c159f0ee22d6627af5bfdf4dbfc

Если это действительно имеет место, то тот файл просто указывает, какая фиксация удаленного источника была в прошлый раз, когда Вы выбрали что-то оттуда.

Если Вы думаете, что плоский корпус занимает слишком много места даже после удаления приложения, проверьте вывод flatpak list -d --app --runtime видеть, какие приложения и время выполнения все еще установлены и место, которое они занимают.