Как минимум по 14.04, gconf-схема apps > nautilus > preferences больше не существует. Новый рекомендованный метод заключается в использовании dconf для изменения размера шрифта на 0.
Ключ находится под org.gnome.nautilus.desktop и называется font. Вы можете отредактировать его с помощью редактора dconf (в пакетах dconf-tools или dconf-editor). Или с помощью gsettings из CLI:
gsettings set org.gnome.nautilus.desktop font "Ubuntu 0"
Чтобы вернуть изменения, сделайте ключ пустым, либо из GUI dconf-редактора, либо с помощью gsettings из CLI:
gsettings set org.gnome.nautilus.desktop font ""
Значение по умолчанию выглядит как Ubuntu 11, даже если ключ пуст.