У меня есть некоторые приложения (например, LibreOffice), который выглядит действительно странным, дизайн как с 90-х.
Как я могу зафиксировать его?
Необходимо изменить тему.
Любой через gtk https://elementaryos.stackexchange.com/questions/1103/how-can-i-make-libreoffice-look-better
Или Вы устанавливаете тему непосредственно http://www.debugpoint.com/2016/08/quick-tip-change-the-default-libreoffice-look-and-feel/
Большая часть приложения использует общую тему, которую Вы устанавливаете. Можно изменить тему в kde настройках.