Как сделать сценарий, который копирует файлы с различных подчиненных папок?
Я испытываю затруднения при установке сценария, который копирует и преобразовывает файлы. То, что я в основном хочу, является сценарием, который берет предмет, например.
folder/subjects/subject_name/mri/norm.mgz
копии этот файл в
folder/investigation_folder/fs_norms/subject_name/
и преобразовывает norm.mgz кому: norm.nii использование mri_convert, и делает это с +300 предметами (в папке предметов).
Это должно быть довольно просто... Кто-либо может помочь мне здесь?
Я - большой newb! Это - пример того, что я хотел бы сделать - с единственным предметом:
mkdir /mnt/projects/Project_folder/thalamic_subnuclei/fs_norms/gXXX/
cp /mnt/projects/Project_folder/subjects/gXXX/mri/norm.mgz /mnt/projects/Project_folder/thalamic_subnuclei/fs_norms/gXXX/
mri_convert mnt/projects/Project_folder/thalamic_subnuclei/fs_norms/gXXX/norm.mgz mnt/projects/Project_folder/thalamic_subnuclei/fs_norms/gXXX/norm.nii
Все мои предметы называют g, сопровождаемым 3-4 числами. Теперь я должен настроить цикл, который делает это с +300 предметами в /mnt/projects/Project_folder/subjects/ папка.
1
задан pa4080
24 April 2018 в 15:28
поделиться
1 ответ
Вот пример, как ДЛЯ цикла может быть применен в рамках сценария удара для решения этой задачи:
#!/bin/bash
# Execute do-done inner part for each "item" under "folder/subjects/"
for subject in folder/subjects/*
do
# Check whether the source file exists
if [[ -f ${subject}/mri/norm.mgz ]]
then
# ${subject##*/} will cut the parent path from the value of the variable '$subject'
echo "Processing: ${subject##*/}"
# Create the new subject directory
mkdir -p "folder/investigation_folder/fs_norms/${subject##*/}"
# Copy the .mgz file into the new directory
cp "${subject}/mri/norm.mgz" "folder/investigation_folder/fs_norms/${subject##*/}/"
# Do the conversion to .nii (I'm not sure this is the correct syntax of mri_convert that you are using)
mri_convert "folder/investigation_folder/fs_norms/${subject##*/}/norm.mgz" "folder/investigation_folder/fs_norms/${subject##*/}/norm.nii"
fi
done
2
ответ дан dessert
7 December 2019 в 13:25
поделиться