На этот вопрос уже есть ответ:
Я новинка в Ubuntu. Могу ли я использовать это окно для обновления без каких-либо проблем?
Удаляет ли или изменяет ли процесс обновления другие приложения, которые я использую?
Да можно обновить без любой проблемы, пока Вы обновляете от версии LTS до LTS. LTS обозначает Долговременную поддержку. Когда Вы обновите, Ваши приложения не будут удалены, но это ничего не стоит, Ваши официальные репозитории Ubuntu будут обновлены до новых репозиториев. Поскольку репозиториями для различных версий Ubuntu управляют отдельно. И все репозитории сторонних производителей, которые Вы могли бы использовать, будут отключены. Можно повторно включить им после обновления.