Небольшое обновление, которое я хотел добавить к импортированию, которое я нашел.
#!/usr/bin/python
#http://askubuntu.com/questions/244333/compiz-profile-settings-export-and-import-using-command-line
import sys
import compizconfig
#The last input on the command line will be the path to save the file to.
savefile=sys.argv[-1]
context=compizconfig.Context()
#saveFile is the name of the file. True specifies whether or not to overwrite current settings.
context.Import(savefile, True)
У меня возникла проблема с импортом, где он не переписывал значения по умолчанию. Добавление True в конец оператора импорта, похоже, исправлено.