На этот вопрос уже есть ответ:
Я выполнил команду chmod 777
на своем экземпляре и после этого закрыл свой терминал.
С тех пор я не мог подключить шпатлевку или WinScp.
В чем может быть проблема и как ее исправить?
Нет много, можно сделать.
Вы повредили установку полностью, Ваша единственная реальная опция в этой точке состоит в том, чтобы восстановить экземпляр AWS ИЛИ восстановить снимок (я надеюсь, что Вы брали снимки!).