Последние драйверы AMD больше не поддерживают карты серии 4000 или ниже. Вам нужно будет использовать 12.6 устаревший драйвер, который не поддерживает xorg 1.13, поэтому вам нужно либо понизить xorg, либо вернуться к 12.04.
Этот файл, который вы загрузили, является файлом Java;
A) Вам нужна Java (если у вас нет):
sudo apt-get install openjdk-7-jre
B) Вам нужно будет исправить разрешения:
cd ~/Downloads/
chmod +x <file>.jar
C) Для запуска: java -jar <file>