не может настроить или сделать установку samtools 0.1.19
Я должен установить определенную версию samtools (0.1.19) (найденный в https://sourceforge.net/projects/samtools/).
./настр возвратов "никакой такой файл..." делают работы правильно (от того, что я могу сказать), sudo, заставляют возвраты установки "сделать: *** Никакое правило сделать цель 'установкой'. Остановитесь".
Различные версии хорошо работают. Я полностью потерян, readme не обеспечивает справки, и я не достаточно здравый смысл для обнаружения любых проблем в make-файле. Любая справка значительно ценилась бы после часов неудачных попыток...
1 ответ
Действительно Вы не должны компилировать это приложение собой.
Это упаковывается во всех в настоящее время поддерживаемых версиях в кармане вселенной.
Можно добавить этот карман с (если это, не включил), команда:
sudo add-apt-repository universe
и затем можно просто установить его с:
sudo apt-get install samtools
Если Вы действительно хотите скомпилировать samtools, затем Вы не должны работать ./configure сценарий (поскольку это не существует), просто используйте make:
cd ~/Downloads
wget https://vorboss.dl.sourceforge.net/project/samtools/samtools/0.1.19/samtools-0.1.19.tar.bz2
tar -xf samtools-0.1.19.tar.bz2
cd samtools-0.1.19
make
и Вы доберетесь:
$ ./samtools Program: samtools (Tools for alignments in the SAM format) Version: 0.1.19-44428cd Usage: samtools <command> [options] Command: view SAM<->BAM conversion sort sort alignment file mpileup multi-way pileup depth compute the depth faidx index/extract FASTA tview text alignment viewer index index alignment idxstats BAM index stats (r595 or later) fixmate fix mate information flagstat simple stats calmd recalculate MD/NM tags and '=' bases merge merge sorted alignments rmdup remove PCR duplicates reheader replace BAM header cat concatenate BAMs bedcov read depth per BED region targetcut cut fosmid regions (for fosmid pool only) phase phase heterozygotes bamshuf shuffle and group alignments by name