Как зашифровать usb pendrive/thumdrive/, к которому можно получить доступ из окон также?

zip -e - никакое дополнительное оборудование или программное обеспечение - простой в использовании, но не очень безопасный

Вы получаете простое и довольно низкое шифрование уровня безопасности с зашифрованным zip файл, который может содержать много файлов или деревьев каталогов. Это работает в Ubuntu и Windows, пока Вы используете стандартное шифрование zip-файла.

Существует zip в Ubuntu, и в Windows существует несколько инструментов, которые совместимы (но если Вы используете некоторое 'расширенное шифрование' в Windows, Ubuntu zip вероятно, не дешифрует его).

Для всех файлов в текущем каталоге:

zip -e file.zip *

Для всех файлов в дереве текущего каталога, 'рекурсивно вызывают в подкаталоги':

zip -er file.zip *

Разархивируйте с

unzip file.zip

От man zip (в Ubuntu), мы видим это -e или --encrypt опция состоит в том, чтобы зашифровать архив.

   -e
   --encrypt
          Encrypt  the  contents  of the zip archive using a password which is
          entered on the terminal in response to a prompt (this  will  not  be
          echoed;  if  standard  error  is  not  a  tty, zip will exit with an
          error).  The password prompt is repeated to save the user from  typ‐
          ing errors.

но не используйте опцию -P или --password.

   -P password
   --password password
          Use password to encrypt zipfile entries (if any).  THIS IS INSECURE!
          Many multi-user operating systems provide ways for any user  to  see
          the current command line of any other user; even on stand-alone sys‐
          tems there is always the threat of over-the-shoulder peeking.  Stor‐
          ing the plaintext password as part of a command line in an automated
          script is even  worse.   Whenever  possible,  use  the  non-echoing,
          interactive prompt to enter passwords.  (And where security is truly
          important, use strong encryption such as Pretty Good Privacy instead
          of the relatively weak standard encryption provided by zipfile util‐
          ities.)

Высокоуровневая безопасность

• Выделенный (уже зашифрованный) USB pendrives уже упомянутый и связанный с в комментарии @user68186.
• Системы с устойчивым шифрованием
  • gpg реализация гну Довольно Хорошей Конфиденциальности. Это идет с Ubuntu, потому что это используется, чтобы проверить, что обновления правильно передаются, и можно использовать его для сжатия файла, например, a tar архив или незашифрованный zip файл, содержащий файлы, Вы хотите передать. Существует версия для Windows, который можно установить. (Я установил gpg в Windows несколько лет назад.)
  • Veracrypt, уже упомянутый и связанный с в ответе @Richard, далее разрабатывается из Truecrypt.
    • Необходимо установить его и в Ubuntu и в Windows
    • Это свободно, с открытым исходным кодом и имеет хорошую репутацию
    • Это может зашифровать целый раздел со своей файловой системой и файлами.

Я думаю, что Veracrypt более удобен, чем gpg с этой целью поэтому если Вы хотите лучшую безопасность, чем с zip или подобные инструменты, я рекомендовал бы Veracrypt или специализированное (уже зашифрованный) USB pendrive, который совместим с Linux.

7Zip AES-256

7Zip/P7Zip зашифрует на AES-256.

7Zip доступно для Windows: https://www.7-zip.org/

P7Zip доступен для Ubuntu: От Центра программного обеспечения Ubuntu и также при помощи:

sudo apt-get install p7zip-full

Ни один не работал на меня производящий зашифрованную папку с перетаскиванием собой, но устанавливающий обоих вместе позволяют мне создать 7Zip файл как зашифрованная папка, требующая, чтобы пароль открывался или при добавлении файлов.