Поскольку этот файл является исполняемым, он по умолчанию рассматривается как таковой. Вас попросят запустить или открыть его, как функцию Nautilus (файловый браузер). При создании ярлыка к нему просто создайте ярлык для приложения (исполняемого файла) и выберите файл сценария. Это будет запускать файл, а не открывать его.
С другой стороны, если вы хотите создать ярлык для открытия этого файла, вы должны выбрать gedit (или любой редактор, который вам нравится) в качестве исполняемого файла , и передать путь к вашему скрипту в качестве аргумента.