Должно быть возможно объединить инструменты SynCE и программу WinCE sms для отправки sms-сообщений:
http://www.synce.org/moin/SynceTools
Посмотрим, что есть команда для запуска программ на вашем телефоне. И если вы можете понять, что вызвал инструмент sms, вы должны иметь возможность вызвать программу и отправить сообщение, используя ее. Если вы этого не сделаете, вам, возможно, придется написать один:
http://www.synce.org/moin/SynceTools
В целом, Телефоны Windows Mobile не поддерживаются в Ubuntu, и вам нужно связаться с разработчиками SynCE, чтобы получить функциональность, если вы хотите, чтобы она была проще в использовании или интегрирована с другими системами или телефонами.