Why inside each dir there is a link to this dir itself?

Вы будете использовать . для текущего каталога, когда вы вводите команду, которая принимает путь к каталогу в качестве аргумента. Таким образом, вы можете указать его относительное местоположение вместо полного пути. Примером такой команды может быть перемещение файла из другого каталога в текущий каталог:

mv ../file1 .

Кроме того, если программа не находится в вашем $ PATH , вам нужно будет указать ее местоположение для ее запуска, даже если вы перешли в его каталог, как указал Квазимодо в комментарии выше:

./foo