Ваша проблема в том, что вы не выполняете оболочку в своем эмуляторе temrinal, вы пытаетесь выполнить cd, что является командной оболочкой, а не реальной оболочкой (даже не фактической исполняемой версией).
Вы можете создать файл записи рабочего стола, который запускает оболочку в настраиваемом рабочем каталоге, например:
MyProject.desktop:
[Desktop Entry]
Type=Application
Terminal=true
Exec=x-terminal-emulator
Path=/path/to/code/ruby/my-main-proj
Name=My Project
Обратите внимание на MyProject.desktop выше.