Если вы можете позволить себе подождать, сколько времени потребуется до синхронизации вашей системы, вы можете использовать команду ntp-wait:
ntp-wait || exit -1
# i believe this would exit the script if it fails, but not sure of ntp-wait return codes, learn this first.
echo Time is synced, go ahead with backup
tar
rsync etc.