Вы попробовали arandr? Это графический интерфейс для xrandr, и он идеально подходит для работы с несколькими мониторами / разрешениями.
sudo aptitude install arandr
В дальнейшем вы можете увидеть интерфейс. С помощью кнопки зеленого галочка вы можете применить текущий макет экрана, и вы также можете использовать его в файле, который в основном содержит команду xrandr, для ее выполнения, когда вы хотите, например, при запуске системы.