Почему создается скрытая папка .Trash-1000, когда я пытаюсь удалить файлы с установленной карты MicroSD?

Это не где-то около 1 ГБ больше. Фактически, поскольку установщик Lubuntu 18.04 ISO составляет около 1 ГБ, он может зависать с файлами установщика пакета, которые он загружал, когда вы обновляли свою систему.

Вы можете попробовать очистить пакеты APT и установить пакет файлы, которые могут быть не нужны больше, открыв терминал (нажмите Ctrl + Alt + T) и запустите:

sudo apt autoremove --purge
sudo apt clean