Для пакетов программного обеспечения вы должны прочитать следующее: http://www.omgubuntu.co.uk/2010/05/transfer-your-packages-to-a-clean-install/
oldmachine$ sudo dpkg --get-selections > installedsoftware
newmachine$ sudo dpkg --set-selections < installedsoftware
newmachine$ sudo apt-get --show-upgraded dselect-upgrade
Для настроек и данных это немного сложнее :-( Большинство настроек хранятся в вашей домашней папке, поэтому сделать резервную копию вашего ДОМА может сделать трюк ... Но тогда, конечно, t охватывают системные приложения, которые имеют конфигурацию, хранящуюся в /etc...