Попробуйте плагин Adobe Flash, используя flashplugin-installer, чтобы получить версию NPAPI в стиле Mozilla (из раздела «nonfree» в репозиториях Ubuntu). Он заморожен в версии 11.2, но все еще имеет обновления для системы безопасности и отлично работает с большинством сайтов. Подключите хром: // плагины в адресную строку и отключите libpepflashplayer.
Затем попробуйте снова вернуться к Pepper Flash, чтобы увидеть, работает ли это снова.
Edit: Мое предположение было что не все веб-сайты были совместимы с новейшей Flash, но похоже, что это была просто ошибка (см. другой ответ об обновлении Chrome). Были и другие проблемы с Pepper, когда речь заходила о полном просмотре видео в предыдущем выпуске, поэтому неплохо было бы иметь оба плагина, удобные для обновления, и все ломается.