Отредактируйте запись на рабочем столе:
sudo nano /usr/share/applications/skype.desktop
Измените Exec на:
Exec=env PULSE_LATENCY_MSEC=60 LD_PRELOAD=/usr/lib/i386-linux-gnu/mesa/libGL.so.1 skype %U
Это выполняется:
LD_PRELOAD=/usr/lib/i386-linux-gnu/mesa/libGL.so.1
перед запуском skype, когда вы запускаете его с помощью панели запуска / рабочего стола.
После этого он должен работать нормально, пока вы запускаете его с помощью запуска приложения.