Просто догадаться, потому что я действительно не понимаю, что вы хотите сделать, но, возможно, вам придется использовать /usr/bin/gksu в пользовательском стартере вместо gksu. Пожалуйста, будьте более конкретны в своей проблеме и расскажите нам, что вы хотите сделать точно.