Изменения сохранения блокирования прав доступа файлов конфигурации?

Я установил Ubuntu 16.10 + Ретроспективный кадр Gnome. Ранее у меня было Ubuntu 14.04, которую мне удалось повредить полностью обновлением, остановленным в середине.

Я создал резервную копию всех файлов от $HOME и / и т.д. и немногих другой, с помощью загрузочной Ubuntu DVD. После установки я скопировал все файлы от прежнего $HOME до нового. Это сделало, чтобы владелец/группа базировался/базировался. Я сделал chown -R ondra ~/.* и chgrp -R ondra ~/.*.

Однако я все еще наблюдаю довольно странное поведение относительно разных уровней. Много настроек не становятся сохраненными. Например, ярлык переключения клавиатуры, экранное расположение, профиль Konsole. Иногда, пробуждение не работает, компьютер остается пробел, и я должен закрыться удерживающей способностью прочь; не уверенный, если это связано.

Я начал подозревать, что у меня есть права доступа неправильно. Возможно, где-нибудь приложения используют другого пользователя для хранения конфигурации?

Файлы конфигурации должны иметь 777 или 555 или 550 или 750 или...?

Вышеупомянутые настройки, сохраненные также в /etc/*?

Как я могу проверить, где приложения пытаются записать, но перестать работать из-за отсутствия доступа для записи?