определенно лучше сохранить «локальные» изменения вне области распространения. Когда вам нужно будет обновить позже, ваши изменения не будут удалены или обновление не завершится неудачно из-за ошибочного файла. Вам просто нужно изменить переменную среды CLASSPATH, чтобы включить файлы jar в ваш домашний каталог.
Поскольку вы указываете свой домашний каталог, я предполагаю, что это персональный проект, а не тот, который будет опубликован где-то. Если проект будет опубликован, то в рамках дистрибутива проекта должен быть каталог, который, вероятно, называется «lib»; например, /usr/local/xyzzy/lib/*.jar (для проекта «xyzzy»).