Самый простой рабочий ответ на вопрос «Как сохранить историю терминала вручную?»:
history -a
Также стоит рассмотреть возможность переключения на zsh, у которого есть setopt inc_append_history («сохранить каждая команда до ее выполнения ").
И этот вопрос также имеет значение: setopt inc_append_history