Почему верхняя панель меню недоступна при просмотре открытых окон приложения?

То, что вы заметили, по дизайну и не изменилось в последних версиях ubuntu.

Предварительный просмотр представляет собой наложение Compiz на рабочем столе - цель которого - просто позволить вам выбрать окно которые вы хотите вывести на передний план.

Выделение значка связано с основными значками, отвечающими за событие мыши. Оверлей сам управляет событиями щелчка мыши - особенно для окон в режиме экспонирования.

Если вы хотите обсудить это дальше, я бы предложил IRC-чат на канале # ubuntu-devel или предложение мозгового штурма.