Будет ли AppArmor защищен от ошибок, подобных Heartbleed?

Во-первых, я бы не установил 9.10 (кармический), особенно не как «новую установку», так как его поддержка заканчивается примерно через два месяца: http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_Ubuntu_releases#Release_history

Во-вторых: современные выпуски Xorg имеют целью работать без какого-либо файла конфигурации, в большинстве случаев достаточно обнаружения во время выполнения. Конечно, если есть /etc/X11/xorg.conf, он будет использоваться по-прежнему. Вы можете сгенерировать один с командой Xorg -configure (как root, конечно, из текстового VT, а не из X), и вы можете немного изменить его позже, если вам нужно его настроить. Насколько я помню, команда будет генерировать конфигурационный файл в вашем доме с именем, например xorg.conf.new, поэтому вам нужно также переместить его в нужное место.