Это произошло бы потому, что вы загрузили что-то из Интернета. И у вас нет доступа для записи в папки. Если вы уверены, что файлы свободны от вирусов, попробуйте выполнить следующую команду:
chmod -R +rw *
Это приведет к удалению значка блокировки из nautilus.