Если acroread имеет файл .desktop в /usr/share/applications, вы можете просто сделать резервную копию, а затем sudo (или gksudo) отредактировать этот файл и изменить имя на z_acroread или что угодно. Кроме того, вы можете скопировать файл .desktop на ~/.local/share/applications и изменить имя в скопированном файле, а не в оригинале без необходимости в sudo. Таким образом, только конкретный пользователь увидит разницу.
Другими словами, найдите строку, которая начинается с Name=. Это будет тот, который изменится с acroread до z_acroread.
Попробуйте решение по адресу http://ubuntuforums.org/showthread.php?t=1857163. В основном это требует доступа к CCSM (Менеджер настроек CompizConfig) и установки «Уровень предотвращения фокуса» в «Общие параметры» на «Нет».