Конечно, rsync работает, но это может работать и для машины, которая не поддерживает rsync (т. е. в cpanel, который по умолчанию не установлен rsync).
Как насчет использования:
cd /path/to/backup/ && cp -R --parents ./* ../backupArchives
Затем, если необходимо, удалите каталог backup
Примечание1: перед выполнением cp -R --parents ...
вам нужно cd в каталог backupПримечание2: дважды проверьте каталог backupArchives, если вы получили новые файлы из резервной копии.